Un déclin rapide
      La prospérité de la ville s'évanouit en très peu de temps.
Sur le simple plan économique, les échanges atlantiques se substituèrent dans le commerce européen aux échanges méditerranéens qui avaient fait sa richesse, déplaçant vers le nord le centre de gravité des affaires. La position centrale de Lyon devint alors périphérique.
En outre, la place bancaire lyonnaise eut beaucoup à souffrir de la confiance accordée aux emprunts royaux : prévus pour être remboursés en quarante et un versements, les emprunts s'achevèrent en banqueroute dès le dixième remboursement, en février 1558.
      Avec les guerres civiles, Lyon tomba en 1562 aux mains des réformés et de son chef le baron des Adrets. Le commerce se détourna alors de la cité et, la paix provisoirement rétablie, les foires ne retrouvèrent plus leur activité passée. De plus, Lyon fut frappée par de terribles épidémies, en 1563 et 1574, qui décimèrent la population. Lyon adhéra alors à la Ligue (le parti protestant), ce qui se traduisit par la multiplication de mesures d'exception qui détruisirent toute activité commerciale. Enfin, les dernières années du siècle furent marquées par une crise frumentaire d'une gravité sans précédent et d'un effondrement démographique. Pour finir, Lyon s'effaça de la vie politique car le roi Henri IV supprima les dernières bribes d'autonomie municipale.

La soie : entre essor et révolte
       Après le déclin le redressement fut pourtant rapide. Lyon atteignit 100 000 habitants vers 1690 (de 30 000 en 1597). La place bancaire (en 1643 création d'une Loge pour la Bourse, place du Change), se doubla d'une ville de production. Les ateliers de soyeux se multiplièrent. Les «manufactures », en particulier la soierie et la fabrique d'étoffes de coton, connaissant une expansion marquée, le quartier de la Croix-Rousse se peupla de maîtres-ouvriers et de compagnons, les canuts, travaillant dans des conditions économiques difficiles.
      Lyon fut donc secouée par de nombreuses émeutes dirigées contre le fisc ou contre le prix élevé du pain entre 1620 et 1693. Au milieu du XVIIIème siècle, la soierie lyonnaise s'imposa par la qualité de sa main-d'Å“uvre et par l'originalité des motifs conçus par ses dessinateurs. Mais cette prospérité restait fragile car l'emploi dans ces manufactures n'était pas régulier et dépendait du marché économique. Les maîtres-ouvriers se trouvaient alors très vite réduits à la misère. D'où de fortes révoltes sociales. Mais les émeutes de 1744, de 1745 et de 1786 n'empêchèrent pas les ouvriers de la soie de tomber dans la dépendance totale des marchands, sans pour autant être assurés d'un «tarif » des prix de façon qui leur eût garanti un salaire minimal.

La Révolution
Quand éclate la Révolution, Lyon fait figure de ville modérée. Mais en 1793, en pleine Terreur, la population tolère mal les exactions commises par la municipalité jacobine de Chalier. Elle la renverse donc, au moment même où, à Paris, les Jacobins font exécuter les Girondins. Lyon se trouve donc à contre-courant du processus révolutionnaire parisien et national. Elle se soulève et devient le foyer d'une insurrection (29 mai). Assiégée par les armées de la Convention en août , la ville doit se rendre. Après la chute des royalistes, la Convention décide de punir la ville. La répression, féroce, est dirigée par Fouché et Collot d'Herbois. Un décret (12 octobre 1793 ) décide même la destruction de Lyon qui se limite en fait à la démolition des remparts de l'ensemble de la ville et des immeubles neufs de la place Bellecour.

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