Ces deux églises furent détruites en 1792 et leur existence tomba dans l'oubli. Elles appartenaient au groupe épiscopal et étaient disposées de la façon suivante :
- Ste Croix au nord
- St Etienne au centre
- St Jean : au sud
Seul le plan scénographique de 1535 en garde le souvenir. Elles étaient situées entre les rues actuelles St Etienne et Mandelot.

L'église St Etienne : la plus ancienne église de Lyon
Elle était dédiée comme son appellation l'indique à St Etienne, et fut fondée par l'évêque Alpinus à la fin du IVème siècle.
Son plan était un plan centré avec 3 absides dont la chapelle Notre-Dame-des-Graces au sud, la chapelle St Clément au nord et un vestibule servant de baptistère.
St Etienne et St Jean formaient un tout : les offices y étaient célébrés en même temps et le clergé divisé en 2 groupes " le grand et le petit nombre".

L'église Ste Croix : l'église paroissiale

Elle fut bâtie au début du VIIème siècle par l'archevêque Saint Arige. Elle avait une grande abside et 3 nefs. C'était l'église paroissiale du quartier St Jean.
La paroisse fit rebâtir complétement cette église en 1458 avec des proportions modestes : une abside triple et un beffroi au nord.
Actuellement, il ne reste de visible que le la voûte du porche d'entrée de cette église, dans le jardin archéologique sur le flanc nord de la cathédrale. Ces vestiges n'ont été découverts que dans la fin des années 60.

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